第一部：徽章的代表意义
八位被选召孩子的徽章，都有着特别的意义，太一的勇气、阿和的友情、光子郎的知识、素娜的爱心、美美的纯真、阿助的诚实、阿武的希望、嘉儿的光明。这些都是他们小时候的品质，在数码宝贝世界的冒险，不仅是他们的一次难忘的回忆，更是他们找回曾经的自己的一次旅行。不管长大之后会变得怎样，千万不要丢失了自己曾经的美好品质。
第二部：合体进化
第二部的故事承接第一部，在与一乘寺贤的战斗中，大辅、小京、伊织三人继承了前作几位孩子的徽章意义的装甲。在后面与木乃伊兽和亚基利兽的战斗中，他们的成熟期合体进化为完全体，跟第一部不同的是，合体意味着团结，结合队友的力量，故事想教会我们不管遇到遇到任何强大的单人不能打败的敌人的时候，团结合作是一种取胜之道。
第三部：驯兽师与数码宝贝
故事剧设建立在人类世界的数码宝贝卡片的游戏之上，在热衷数码宝贝卡片战斗的孩子中，有着幸运儿能够真正成为驯兽师，进行真正的数码宝贝战斗。但是，数码宝贝并不是游戏中的虚拟数据，驯兽师信任自己的数码宝贝，只有这样数码宝贝才会回应自己进化更强，而不是单纯的依靠载入敌人数据。最后的究极进化就是因为驯兽师和数码宝贝心意相通才会进行网络进化的
第四部：继承传说
故事发生在传说中十斗士打败了光明兽之后，在数码宝贝世界再次遇到危险时，拓也、小泉、辉二、友树、纯平几位人类孩子收到神圣天女兽的召唤来到数码宝贝世界，继承了传说中十斗士留下的斗士精神，以十斗士之名再次展开拯救数码宝贝世界之旅。在这过程中，他们打败了邪恶的其余五位斗士，最后结合所有斗士精神进化为金刚武神兽，再次打败了光明兽，在继承传说的同时又创造了新的传说
第五部：人类与数码宝贝
第五部是讲述人类与数码宝贝两个世界的故事，大门大、托马、淑乃这些DATS队员的努力下，人类和数码宝贝关系开始缓和。在数码宝贝世界和人类世界碰撞毁灭之际，世界树和皇家骑士企图消灭人类世界以保存数码宝贝世界的举动并没有得到数码宝贝的支持，最后大门大打败了世界树，两个世界也因为人类的数码之魂和数码宝贝的努力重新存活下来，两个世界得到了拯救