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具体游戏中未提及。估计是和神话中的一样死去了。古剑奇谭2中星罗岩处息妙华有如下对话作证:
阿阮:那么……神农神上呢他去哪儿了,你知道么
息妙华:……姑娘竟未曾听闻神农大人早已绝迹三界,这几千年来从未现身。
息妙华:有传闻说……神农大人早已如盘古大神一般……
阿阮:…………!!
阿阮:怎么会……这样…………