以三级省医院为例。
新农合在三级省医院门诊补偿：
三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。中药发票附上处方每贴限额1元。
新农合在三级省医院住院补偿：
报销范围：
药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额200元手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。
报销比例：三级医院报销30%。
新农合在三级省医院报销程序：
参保者出院后，将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。
新农合在三甲医院的报销比例如下：
一、门诊报销比例
1、村卫生室、卫生所报销比例60%
2、镇卫生院报销比例40%
3、二级医院搏小比例30%
4、三级医院报销比例20%
5、镇级合作医疗门诊报销限额5000元/年。
二、住院报销比例
1、新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元
2、手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元按照1000元报销
3、60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元
4、各级医院报销比例为：镇卫生院报销60%二级医院报销40%三级医院报销30%。
三、大病报销比例
1、门诊统筹乡、村补助比例分别提高到65%、75%
2、级医疗机构住院费用在400元以下者，不设起付线
3、二级医疗机构补助比例提高到75%到80%
4、三级医疗机构补助比例提高到55%到60%
5、省三级医疗机构补助比例提高到55%
6、儿童先心病等8种大病新农合补助病种定额的70%，肺癌等12种大病，新农合补助病种定额力争达到70%。
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
新农合报销比例与就诊机构有关，就诊机构级别越高报销比例越低，一般新农合三甲医院报销的比例在65%左右，不过，还需以当地医保报销政策与就诊机构的报销政策为准。
参加新农合的都是农村户口，在三甲医院就医属于异地就医，需要本地就医机构开具转院证明并经过新农合办审核，否则不予报销。