菠菜籽外壳比较硬，不易发芽。可以采用人工研碎外壳的方法，或者药物辅助的方法来帮助菠菜发芽。
一是把菠菜籽放到透明的塑料袋里，透明塑料袋可以看见种子外壳变化，用擀面杖轻轻的碾压，只要外壳裂开即可。
二是浸种溶液为氧化氢和水的混合物，氧化氢和水的比例为1:4，在调好浸种溶液后，便可以将晒好的菠菜种子慢慢倒入到溶液中，并且要一边倒一遍搅拌，这样可以使菠菜种子均匀的沾到浸种溶液，有利于菠菜种子对浸种溶液的吸收，发芽就快一点。
种之前泡水8-12小时，把壳泡软，双手捧起搓一搓，把壳搓掉再播种，有些种子是已经破壳的，就不用搓了。破壳的菠菜种子，可以放湿纸巾上放着催芽，也可以直接撒到湿润的土里直接播种，播种温度建议在5度以上，过低可以盖上塑料膜，出芽后逐步撤掉。