骆驼奶的保质期相对来说比较短。一般生鲜骆驼奶，在自然环境下只能保存2-3天左右。
如果保存技术到位，采用干湿混合工艺，低温喷粉、灭菌和无菌包装，又是品牌骆驼的话，最多可以保存1-2年质久。新鲜骆驼奶一般是放冰箱冷冻保存，一般只能保存两三天，因为骆驼奶和人奶的成分差不多，不含有过敏原，所以冷冻环境下，不会营养骆驼奶中的营养成分，还能降低骆驼奶中的活性酶，从而抑制细菌的繁殖。还有要注意新鲜的骆驼奶是不能直接喝的，有细菌的，要煮沸和加工后才能喝。
新鲜骆驼奶的储存目前来说还有较大的难度，一到两天就会变质，很少做为鲜奶饮料，大部分加工成奶制品。蒙古的，还会将它制成酸奶。骆驼奶置于罐中，温度约保持在摄氏十八度左右，过上两天，就发酵成块，带酸味。